В 2006-2010 гг. в Благовещенском соборе были проведены комплексные реставрационные работы, сопровождавшиеся натурными исследованиями, которые позволили ответить на многие вопросы, возникавшие у исследователей, занимавшихся строительной историей памятника. Одной из самых сложных проблем, являющейся предметом научной полемики на протяжении многих лет, была история строительства Южной паперти и Грозненского крыльца собора.
Благовещенский собор, с самых первых лет своего существования являющийся хранилищем великокняжеской казны, не только входил в комплекс Великокняжеского дворца, но и был непосредственно связан с Казенным двором, построенным к югу от собора. Южная паперть и Грозненское крыльцо подверглись серьезной перестройке в середине XVI в. Она, по-видимому, была вызвана тем, что эта сторона собора сильно пострадала во время пожара 1547 г., и южная стена паперти, а также ее своды были разобраны. На стене нижнего яруса 1480-х годов была возведена открытая галерея с крыльцом, ведущим в сени Казенной палаты, перекрытая крестовыми сводами.
После пожара 1547 года на южную паперть из дьяконника был вынесен придел Василия Кесарийского. Для него на паперти была сооружена палатка, а в стене собора, отделяющей дьяконник от галереи, пробита арка. В это время в дьяконнике размещалась ризница собора, которая была расширена за счет помещения бывшего придела на паперти. Существующая стена с дверным проемом по центру построена в прикладку к арке в конце XVII в., когда престол здесь был возобновлен.
В 1560-е гг. на верхней площадке крыльца была возведена сохранившаяся до нашего времени стена из маломерного кирпича с белокаменным двухчастным окном, украшенным резьбой. Одновременно в перегородке, отделяющей южную паперть от восточной был проделан дверной проем.
Окно и портал поменялись местами между 1770 и 1800 гг. после перестройки восточной части южной паперти. Одновременно с этим были заложены арки, опирающиеся на квадратный в плане резной столп. Первоначально обрамление окна было установлено в глухую стену как декоративный элемент, оконный проем в этом месте был пробит только во время реставрации 1930-х гг.
Большие реставрационные работы были выполнены на южной паперти собора в 1860-е гг. под руководством Ф.Ф. Рихтера. В это время в южной стене паперти, в закладке последней четверти XVIII в. были обнаружены полуколонна и квадратный в плане столп, на которые опирались оставшиеся после перестройки 1830-х гг. фрагменты первоначальных крестовых сводов. Полуколонна и столб тогда же были заменены достаточно точно сделанными копиями, а подлинники были переданы в Румянцевский музей.
Реставрационные работы на южном крыльце и южной паперти собора были проведены в 2007-2010 гг. Одной из главных задач этой реставрации было выявление многочисленных строительных периодов в истории этой части памятника. Натурные исследования позволили выявить фрагментарно сохранившийся первоначальный резной декор паперти и галереи, и теперь возможно представить, как выглядел собор в Грозненское время. Своды паперти и крыльца были окрашены в темно-серый или черный цвет. Фусты колонн и столпов, капители, импосты, нижние поверхности архивольтов арок фасада галереи были покрыты резьбой. По южному фасаду крыльца и паперти проходил фриз, также украшенный резным декором с растительными мотивами. Дверной проем представлял собой белокаменный, украшенный резьбой портал с полукруглым архивольтом, опирающимся на прямоугольные в плане пилястры, и вел с верхней площадки крыльца на восточную паперть, располагавшуюся перед Казенной палатой. Главными мотивами белокаменной резьбы южного крыльца и южной паперти являются растительные побеги и стебли с характерными остроугольными или полукруглыми «шишками», которые по своему характеру сильно отличаются от резьбы ренессансных порталов конца XV - начала XVI вв. Аналогии этих мотивов можно найти в книжной гравюре середины XVI в.
Полы на папертях были выложены из керамических треугольных плиток черного и белого цвета, составляющих регулярный геометрический рисунок. Угловая восточная полуколонна была обнаружена позже, во время реставрационных работ 1949 г. В это же время по следам, оставшимся в кладке, были восстановлены белокаменный портал и цоколь южной стены четверика собора.
В процессе реставрационных работ на свои первоначальные места были возвращены Грозненские портал и двухчастное окно. Резьба не всех вновь изготовленных деталях была выполнена в обобщенном виде, чтобы ее можно было отличить от подлинной резьбы. С фасадной стороны на стенах крыльца были найдены фрагменты покраски «под большемерный кирпич». Было принято решение сохранить эту покраску со стороны фасада.
Основной идеей архитектурной части экспозиции в восточной части южной паперти Благовещенского собора является демонстрация воссозданного в соборе и не имеющего аналогов в других кремлевских памятниках интерьера Грозненского времени.
В экспозицию входят восстановленные в первоначальном виде фрагменты южной паперти собора с резными белокаменным порталом и окном, раскрытия первоначальной кладки с белокаменными резными деталями на стенах паперти и Грозненского крыльца, зондажи в полу южной паперти, оформленные в виде стеклянных люков, а также белокаменные блоки с резьбой середины XVI в. из фонда Архитектурного декора, установленные на постаменты. Для показа в экспозиции были отобраны детали, которые не сохранились на своих местах, но которые составляют единый ансамбль с резными архитектурными элементами, сохранившимися in situ, и которые обогащают наше представление об архитектурном убранстве южной паперти и крыльца Грозненского времени.